《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国婚姻法〉若干问题的解释（三）》第二条规定：夫妻一方起诉请求确认亲子关系不存在的，并已提供必要证据予以证明，另一方没有相反证据又拒绝做亲子鉴定的，法院可以推定请求确认亲子关系不存在一方的主张成立。夫妻一方起诉请求确认亲子关系存在的，并提供必要证据予以证明，另一方没有相反证据又拒绝做亲子鉴定，法院可以推定请求确认亲子关系存在一方的主张成立。亲子鉴定既涉及人与人之间亲情关系的变化，又关系到婚姻家庭关系的稳定。“因此，对要求做亲子关系鉴定的案件，应从保护妇女、儿童的合法权益，有利于增进团结和防止矛盾激化出发，区别情况，慎重对待。”
原则上应当以双方自愿为原则。但是如果非婚生子女以及与其共同生活的父母一方有相当证据证明被告为非婚生子女的生父或者生母，且非婚生子女本人尚未成年，亟须抚养和教育的，如果被告不能提供足以推翻关系的证据，又拒绝做亲子鉴定的，应当推定其亲子关系成立。但应当严格掌握以下条件：首先，提出申请的一方应当是亟待抚养和教育的非婚生子女或与非婚生子女共同生活的父母一方；其次，提出申请的一方已经完成了与其请求相当的证明责任；再次，被申请人提不出足以推翻亲子关系存在的证据；最后，被申请人拒绝做亲子鉴定。只有同时具备上述条件，才能推定对其不利的事实成立。由于兄弟姐妹之间鉴定的准确率在60%～80%，还不能达到准确认定的程度，故不能适用司法解释的推定原则。比如，一方请求确认与父亲的亲子关系，但其父亲死亡，无法进行亲子鉴定采样。一方要求与其同父异母的兄弟或姐妹之间进行血缘关系鉴定，对方如果不配合做鉴定，在缺乏必要证据的情况下，法院不能推定一方的主张成立。在处理此类案件中，对亲子鉴定结论应作为鉴别亲子关系的证据之一。鉴定结论只能作为证据来源使用，只有经过法庭质证、认证的鉴定结论，才能作为定案的依据。一方私自带子女去做亲子鉴定，并没有提供其他证据相印证，诉讼中对方拒绝做亲子鉴定的，因无法确定一方私自鉴定的采样是否真实，法院不宜适用推定规则。提起婚生子女否认之诉的权利人只能是夫或妻。本着法律上的亲子关系原则应以真实血缘关系为基础，同时兼顾亲子关系的安定性，应将否认权人限制在较小的范围内。之所以没赋予子女的否认权，是因为子女未成年时需要由其父母代理，而当子女成年后，即便父母与其没有血缘关系，但对付出心血将其抚养成人的父母而言，允许子女行使否认权则有失公允。亲子鉴定的启动应当慎重，无论是请求确认亲子关系或者否认亲子关系都要承担相应的举证责任。对当事人提供的证据，人民法院经审查并结合相关事实，认为进行亲子鉴定确有必要的，可以根据当事人申请启动亲子鉴定。当事人仅凭怀疑或者猜测申请亲子鉴定的，不予准许。但另一方当事人同意鉴定的，可以准许。当事人提供的必要证据主要是指受孕期间的推算、分娩期与婚期不相符，遗传病、癫痫、血友病，血型化验结果子女血型与父母血型不符合、及有父母子女关系的出生医学证明、对方与他人在特定时段同居、男女双方在特定时段有或没有同居生活等行为。这些具有科学依据的化验结果、客观事实，在另一方不能提供其他证据予以反驳并不同意亲子鉴定时，可以作为推定的必要证据。如何正确掌握申请亲子鉴定一方的证明责任，合理及时把握行为意义上举证责任转换的时机，是判定亲子鉴定中举证妨碍的重要条件。如果过分强调申请方的证明责任，势必使申请方的实体权利难以得到保护；但如果忽略申请方的证明责任，则可能导致权利滥用，不利于家庭关系的稳定和当事人隐私的保护。因此，此类案件的处理应注意举证责任的分配，不能机械理解“谁主张，谁举证”的原则，应根据当事人举证能力、诉讼中主张与抗辩地位的转换，科学地转移和重新分配举证责任。亲子鉴定属于法医物证鉴定类别中的一项鉴定内容，鉴定机构需有司法鉴定许可证，且从事鉴定的人员须持有执业证书。因此要选择国家卫生行政主管部门批准或者认可的医疗鉴定机构进行鉴定。
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